这里属温带高寒山区，冬季长，春秋两季相连，无夏季。由于地处欧亚大陆腹地，远离海洋，纬度较高，相对高差悬殊，地形复杂，以及森林、湖泊的影响，使得这里的气候与邻近地区相比有较大的差异。

　　据考察期间气象观测资料分析：年平均气温-0.2，气温年较差31.9，月平均日较差14.1，

　　全年有6 个月的气温月平均值低于0度，最冷的一月平均气温-16，最热的七月平均气温15.9,大于等于5年活动积温1790. 4，大于等于10的年活动积温1595.4,无霜期80-108天。
 
年均降水量1065.4毫米。全年日照数时数为2157.4小时.全年太阳总幅射量为114.8千卡/平方厘米。植物生长主要季节(5月-8月)总幅射量为60千卡/平方厘米，占全年总幅射量的52.3%。其中,生理幅射的最大值分布在4月到9月,与植物生长季节同步,为植物的生长、发育提供了有利条件。雷电频繁是本地区特点之一，多发生在午后，有时在傍晚，伴随雷电的常有冰雹。因常有雷电引起森林火灾，给本地区森林造成危害。

　　喀纳斯自然保护区的母岩有千枚岩、花岗岩、凝灰岩和第四纪松散堆集物。

　　土壤类型从冰川至草甸、沼泽、河谷，多因植被、海拨和坡向的不同而异，呈明显的垂直带状分布，生长着不同的植物群落。

　　这里的土壤主要有山地冰沼土、高山石漠土、高山草甸土、亚高山草甸土、山地棕色针叶林土、山地黑钙土、山涧洼地沼泽土和暗色草甸土。

　　海拨2500--3200米为山地冰沼土和高山石漠土，其上部为永久积雪带，其下限常与高山或亚高山草甸交错存在。海拨2400--2600米的阳坡或半阳坡分布着高山草甸土。海拨1800--2400米的山地分布有亚高山草甸土。海拨1300--2300米的阴坡或半阴坡为山地棕色针叶林土，土壤较肥沃，喀纳斯自然保护区的森林主要分布在这类土壤上。海拨1200--1800米的山间谷地及平缓的阳坡，广泛分布山地黑钙土，这里牧草繁茂，百花盛开，是良好的天然牧场。海拨1300--1500米的山涧洼地积水处成为沼泽土，有莎草

　　科等植被分布。暗色草甸土，呈块状分布于喀纳斯湖北部海拨1400米的河流和冰川堆积物上。土壤肥沃，植被以莎草科为主。

　　站在喀纳斯湖边举目眺望，可以清楚地看到阿尔泰山顶雄伟壮丽的冰雪世界。这里第四纪冰川保存完好，冰川地貌极为发育。

　　我国境内阿尔泰山是国内现代冰川主要分布区之一，而喀纳斯的冰川面积和储量，分别占我国阿尔泰山区冰川的71.46%、70.08%，这些冰川既是本区的自然奇观，又是珍贵的固体水库。